วัดพุทธปัญญา เป็นวัดใหม่ ตั้งอยู่ใกล้กระทรวงสาธารณสุข ด้านทิศใต้ เกิดขึ้นโดยปฐมศรัทธาของ นส.ไสว ทองแจ้ง ยกโฉนดที่ดินของตน 3 โฉนดเนื้อที่ 6 ไร่ 2 งาน 70 ตารางวา ถวายหลวงพ่อปัญญานันทะ เพื่อสร้างวัดถวายพระราชกุศลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในมงคลสมัยกาญจนาภิเษกคือทรงครองราชย์มาครบ 50 ปี พิธีมอมโฉนดที่ดินถวายในการสร้างวัดเกิดขึ้น ณ. ห้องประชุมใหญ่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา ( อ.ย. ) โดย ภบ.ดร.ภักดี โพธิศิริ เลขาธิการได้ถวายความอุปถัมภ์โฑดยประการทั้งปวงท่ามกลางผู้มีเกียรติทั้งบรรพชิตและคฤหัสก็ 55 ท่าน เมื่อวันที่ 3 สิงหาคม 2539 ทำพิธีรับมอมถวายโฉนดที่ดินแล้วหลวงพ่อปัญญานันทะใคร่ครวญอยู่เกือบปี จึงสั่งให้พระศรีธวัช อนิวตฺติโก ป. ผู้เป็นลัทธิวิหาริก ซึ่งไปปฏิบัติศาสนกิจอยู่ที่ธรรมสถานอิทัปปัจจยตาราม อ. เฉลิมพระเกียรติ จ. สระบุรี มาอยู่ช่วยนำสร้างเสนาสนะตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม 2540 และมอมให้นส.ไสว ทองแจ้ง เป็นผู้ลงนามในเอกสารขอสร้างวัดและตั้งวัดตามลำดับ ได้รับอนุมัติจากมหาเถรสมาคม ให้กระทรวงศึกษาธิการประกาศตั้งวัดเมื่อวันที่ 3 มิ.ย. 2542 ได้นามว่าวัดพุทธปัญญา พระศรีธวัช อนิวตฺติโก ป. ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาส เมื่อ 21 มิ.ย. 2542
การก่อสร้างเสนาสนะ เป็นไปตามแบบแปลนแผนผังของคณะกรรมการอันมีข้าราชการจากกองแบบแผนของกระทรวงสาธารณสุขร่วมด้วย กระทรวงสาธารณสุขโดย พณฯ เสนาะ เทียนทองรับวัดนี้ไว้ในความอุปถัมภ์ได้ประกาศแต่งตั้งข้าราชการตำแหน่งต่างๆ ร่วมเ ป็นกรรมการพัฒนา และสนับสนุน โดยการทอดกฐินบ้างทอดผ้าป่าบ้าง จึงเป็นสื่อศรัทธาให้ได้ก่อสร้างเสนาสนะต่างๆ ตามโครงการจนเกิดความสะดวกแก่พุทธศาสนิกชน ที่ไปร่วมบำเพ็ญกุศลศึกษา ปฏิบัติธรรมพอสมควรซึ่งวัดนี้เน้นการปฏิบัติอานาปานสติกรรมฐานเป็นหลัก บัดนี้มีมติมหาเถรสมาคม ที่ 365/2548 ในการประชุมครั้งที่ 20/2548 เมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2548 ให้วัดพุทธปัญญา เป็นสำนักปฏิบัติธรรมประจำจังหวัดนนทบุรี แห่งที่ 3 อีกด้วย